Khởi đầu từ ngày 23 tháng 6 năm 2006 chùa Nguyên Thủy tổ chức 9 khóa Thiền do Thượng Tọa trụ trì Pháp Chất giảng dạy, số lượng Thiền sinh mỗi khóa từ 50 đến 60 Thiền sinh. Tổng số có đến 520 Thiền sinh tham dự.

phap chat 2Đến tháng 5 năm 2007, theo văn bản chấp thuận của Ban Tôn Giáo Chính Phủ BTC-CP- 172/TGCP-HTQT đề ngày 15 tháng 3 năm 2007 cho phép chùa Nguyên Thủy được thỉnh hai vị Thiền sư từ Tích Lan và Thái Lan vào Việt Nam giảng dạy môn Thiền Học Phật Giáo Nguyên Thủy – Thiền Tứ Niệm Xứ cho Chư Tăng Ni Tu Nữ Phật Tử Thiền sinh Việt Nam tại chùa Nguyên Thủy theo dòng Thiền Goenka và Mahasi.
Ngày 8 tháng 5 năm 2007 đánh dấu một bước ngoặc mới kể từ năm 1975 đến nay. Đây là lần đầu tiên Phật giáo Nam Tông nói chung và chùa Nguyên Thủy nói riêng vinh dự được Ban Tôn Giáo chính Phủ cho phép mời thỉnh các Thiền sư nước ngoài vào Việt Nam giảng dạy. Thời gian giảng dạy là hai tháng 40 ngày, được chia thành mỗi khóa tu 10 ngày,với tổng số Thiền sinh từ 120 người mỗi khóa.
Không ngừng tìm kiếm các dòng Thiền thích hợp và đúng y như lời dạy của Đức Phật chúng tôi đã thỉnh mời được Thiền sư từ dòng Thiền Pa-Auk, Myanmar. Đây là dòng Thiền chúng tôi rất tâm đắc, yêu cầu người giảng dạy, nơi giảng dạy, trú xứ và Thiền sinh phải giữ giới tuyệt đối. Điều bất ngờ nhân duyên đầy đủ là chùa Nguyên Thủy có được tất cả các yếu tố trên, duyên lành đã đưa đến, ý nguyện được thành tựu. Thiền sư Dhammapàla đồng ý sang Việt Nam giúp chúng tôi giảng dạy.
Khóa Thiền Pa-Auk 10 ngày đầu tiên khai giảng vào ngày 25 tháng 7 năm 2008 kết thúc vào ngày 8 tháng 11 năm 2007.Sau đó những khóa Thiền Tứ niệm Xứ theo phương pháp Pa-Auk liên tiếp được tổ chức. Số lượng Thền sinh tham dự cao nhất là 140 người, thấp nhất là 85 Thìền sinh. Đợt 1 bao gồm 6 chính khóa 10 ngày. Bên cạnh đó có các ngoại khóa 7 ngày hổ trợ cho các Thiền sinh tiếp tục tu tập nâng cao pháp của mình qua các buổi trình pháp với Thiền sư mỗi ngày.
Để các khóa tu tập Thiền từng bước đi vaò chinh quy, chúng tôi đã xin phép Thành hội Phật giáo chấp thuận cho chúng tôi được chuyển đổi danh xưng đúng với chức năng của mình từ ngôi chùa Nguyên Thủy thành Thiền viện Nguyên Thủy. Ngày 2 tháng 12 năm 2008 theo Thông tư số 087/XN-THPG chúng tôi chính thức được mang tên Thiền Viện Nguyên Thủy.
Tiếp tục đi lên theo hướng đã định, Thiền viện Nguyên Thủy được Ban Tôn Giáo Chính Phủ cho phép tổ chức khai giảng các khóa Thiền đợt 2 vào ngày 31 tháng 5 năm 2009 do hai vị Thiền sư Myanmar là U Dhammapàla và U Tejinda trực tiếp giảng dạy. Các Khóa Thiền sẽ liên tục tổ chức là 11 khóa, bắt đầu từ 31 tháng 5năm 2009 đến 23 tháng 11 năm 2009. Tổng số Thiền sinh tham dự là 130 Thiền sinh nhất là trong những ngày hè. Vào những ngày ngoại khóa số Thiền sinh ở lại tiếp tục tu tập khoảng từ 50 đến 60 người. Thiền viện đón nhận Thiền sinh mỗi ngày do nhu cầu thời gian sắp xếp của Thiền sinh. Trong ba tháng hè có khóa Thiền dành cho Sinh viên, đặc biệt vào các ngày cuối tuần thứ bảy và chủ nhật có các buổi tu học dành cho cán bộ công nhân viên chức tham dự. Thiền viện đón nhận số lượng từ 10 đến 20 thiền sinh đến dự.
alm round
5 mau ao
Tính đến hôm nay Thiền viện đón nhận số Thiền sinh ham dự các khóa tu học là 2257 Thiền sinh, đặc biệt cho đến nay các Thiền sinh vẫn ở lại tu tập ngoại khóa tại Thiền viện.Qua hai năm Thiền viện Nguyên Thủy cũng đã tổ chức lễ xuất gia cho các Thiền sinh có ý nguyện. Đã có 2 Sa-di xuất gia trọn đời, 12 Tu nữ xuất gia trọn đời, và 35
Tu nữ xuất gia gieo duyên. Tổng cộng số người xuất gia là 68 Thiền sinh.
Nhìn chung qua 3 năm hoạt động Thiền viện Nguyên Thủy đã từng bước đi lên thành Thiền viện có tầm vóc quốc tế, với các Thiền sinh ngoại quốc cũng như Việt kiều đến từ Pháp, Úc, Anh và Mỹ. Cùng với những thành quả phần nào y như ý nguyện, chúng tôi rất hoan hỷ đưa dòng Thiền Pa-Auk vào Việt Nam giảng dạy với phương châm học phải hành và hành phải đắc Thánh đắc Quả. Trong quá trình tu tập đợt 1 85 ngày đã có 5
Thiền sinh có kết quả ấn chứng và đã sang rừng Thiền Pa-Auk tiếp tục tu tập và hiện có kết quả khả quan.. Trong những khóa Thiền đợt hai, nhiều Thiền sinh, nhất là các em Sinh viên, đã chuyển hóa được tâm thức của mình,làm cho tâm ngày càng trưởng thành.
Thiền viện có trang web mang tên http://thienviennguyenthuy.wordpress.com/ được thành lập từ ngày 17 tháng 1 năm 2009, theo thống kê đến ngày hôm nay đã có 40.180 lượt người truy cập.
Trinh Phap 006a
Chrysan 002
Nhìn chung về:
- Ưu điểm: Thiền viện cố gắng tổ chức phục vụ cho công việc giảng dạy, và cho Thiền sinh  với tất cả khả năng có được. Thiền sinh đến Thiền viện chỉ cần mang giấy CMND và các vật dụng cá nhân cần thiết. Thiền viện sẽ lo ăn và ở cũng như các tài liệu học tập cho Thiền sinh.
  • Ban Giảng dạy : ngoài môn học chính là Thiền tập, còn có những thời thuyết pháp của TT trụ trì và nhị vị Thiền sư ngõ hầu sách tấn Thiền sinh trên bước đường tu tập. Ngoài ra Thiền sinh còn học tập kinh tụng, kệ kinh doTT trụ trì giảng dạy.
  • Ban phiên dịch: Làm việc cật lực chuyển ngữ các bài pháp của Thiền sư, cống hiến những pháp thoại vô cùng thâm sâu. Thiền viện hiện đang tìm kiếm tuyển thêm phiên dịch từ Tiếng Miến sang tiếng Anh hoặc từ tiếng Miến sang tiếng Việt Nam.
  • Ban Biên tập: in ấn, photo các tài liệu học tập, kinh vô cùng phong phú, cùng phát hành các dĩa CD thuyết pháp của các giảng sư. Ban ẩm thực: phục vụ các bữa ăn đầy đủ dưỡng chất, hổ trợ sức khỏe cho Thiền sinh tu tập. Thiền sinh được thực hành đi khất thực với đầu trần chân đất, bất luận trời nắng hay mưa. Phương pháp thực hành này bào mòn dần tính ngã mạn của Thiền sinh.
  • Nhà ăn sạch sẽ khang trang thoáng mát,Thiền đường rộng rãi. Đội phục vụ công quả tận tình.
  • Thiền viện cũng trang bị tủ thuốc cấp cứu với sự chỉ dẫn của một vị bác sĩ thiền sinh. Có y tá Thiền sinh chăm lo và đo huyết áp cho các Thiền sinh bị bệnh.
  • Nội quy và Thời khóa biểu được yêu cầu chấp hành triệt để. Trong Thời khóa biểu từ 3:30 sáng đến 21:00 gồm: 5 buổi ngồi thiền chung bắt buộc, 2 thời thuyết pháp sáng chiều, một thời giải đáp thắc mắc do Thiền sư phụ trách vào mổi sáng, 2 thời trình pháp sáng chiều, 2  thời tụng kinh sáng chiều. Ngoài ra còn một thời thuyết giảng kỹ thuật thực tập cho thiền sinh mới đến lần đầu. Cuối khóa có một buổi viếng nghĩa trang thực tập quán niệm về sự chết.
- Bên cạnh những ưu điểm không sao tránh khỏi những khuyết điểm. Với cơ sở vật chất còn hạn chế về phòng ở, không đủ sức chứa khi các Thiền sinh tu tập đông đảo, phải ở chật chội. Do vậy mỗi khóa Thiền viện chỉ đón nhận từ 80 đến 130 Thiền sinh để bảo đảm sự thoải mái tu tập.
Hướng tới Thiền viện sẽ cố gắng xây dựng thêm cơ sở vật chất, như Thiền xá đầy đủ tiêng nghi để đón nhận đông đảo Thiền sinh trong và ngoài nước đến tu tập. Thiền viện mong nhận được sự chú ý hổ trợ của các Mạnh thường quân để từng bước xây dưng nên một trường thiền tại Việt Nam mang tầm vvóc quốc tế, ngõ hầu làmlợi lạc cho Chư Tăng Ni Tu Nữ Phật tử Việt Nam trên con đường tu tập giải thoát Thiền viện mong mỏi đón nhận sự ủng hộ đến tu tập của Chư Tăng Ni Tu nữ Phật tử của tất cả các hệ phái tại Việt Nam.
Namo Budhhaya
Khoa Thien